قرارگاه خاتم که برای امور سازندگی فعالیت میکند، نه مدیرعامل دارد و نه رئیس؛ بلکه فرمانده دارد. شخصی که بهعنوان فرمانده قرارگاه معرفی میشود، جانشین فرمانده کل سپاه در قرارگاه خاتم است؛ بنابراین فرماندهان کل سپاه را میتوان فرمانده اصلی قرارگاه دانست. هرچند همه این فرماندهان مهندسی را در دانشگاه نخواندهاند؛ ولی آنهایی که مهندسی نخواندهاند، هم در زمان جنگ با فعالیت در یگانهای رزمی تجربیاتی کسب کردهاند:
محمد ستاری وفایی: او نخستین فرمانده قرارگاه خاتم است. او از ۱۳۶۸ تا سال ۱۳۷۳ فرمانده قرارگاه بود. اولین قرارداد قرارگاه در سال ۱۳۶۸ و با مبلغ ۳۰ میلیون تومان با موضوع تصحیح اراضی بین دارخوین و خرمشهر امضا شد. وی دومرتبه از سال ۷۶ تا ۸۵ فرمانده قرارگاه شد.
محمدباقر قالیباف: وی در سال ۱۳۷۳ توسط سردار محسن رضایی فرمانده وقت سپاه بهعنوان فرمانده قرارگاه خاتمالانبیا منصوب شد. اجرای پروژههایی مانند راهآهن مشهد-سرخس ازجمله اقدامات صورتگرفته در دوره مدیریت قالیباف بر قرارگاه به شمار میرود.
حسن دانایی فر: وی به مدت یک سال از سال ۷۶ تا ۷۶ فرماندهی قرارگاه را بر عهده داشت.
عبدالرضا عابد: وی فارغالتحصیل دوره اکتشاف نفت و از اهالی جنوب است. اواخر دوران تحصیلش همزمان شد با پیروزی انقلاب اسلامی که باعث شد او به ایران بازگردد. سال ۱۳۵۹ وارد سپاه شد و سالهای جنگ را در جبهه سپری کرد. پس از پایان جنگ وارد عرصه سازندگی در سپاه شد. فعالیتهای سازندگی را از ساخت اتوبان تهران- ساوه شروع کرد. سپس به قرارگاه کربلا و بعد هم به قرارگاه خاتمالانبیا رفت. وی سال ۸۵ به این سمت منصوب شد و نزدیک به دو سال فرمانده قرارگاه بود.
رستم قاسمی: سردار قاسمی دی ماه ۱۳۸۶ به عنوان فرمانده قرارگاه سازندگی خاتمالانبیا منصوب شد. او پیش از پذیرش این مسئولیت قرارگاه سازندگی نوح را برعهده داشت. وی تا سال ۱۳۹۰ و انتصاب به وزرات نفت این سمت را عهدهدار بود.
ابوالقاسم مظفری شمس: وی مرداد ۱۳۹۰ جایگزین رستم قاسمی شد. او پیش از برعهدهگرفتن این مسئولیت، ریاست هیئتمدیره «شرکت توسعه آب و نیرو ایران» و ریاست «انجمن تونل ایران» را بر عهده داشت. مدت زمان فرماندهی او، یکی از کوتاهترین مدتهای فرماندهی قرارگاه است. مرداد ۱۳۹۰ تا اسفند ماه ۱۳۹۱.
عبادالله عبداللهی: وی از اسفندماه ۱۳۹۱ این سمت را بر عهده گرفت. سردار عبدالهی بیش از ۹۲ ماه سابقه حضور در جبهه و بیش از ۱۵ سال سابقه فرماندهی در ردههای رزمی دارد. او هم مهندس است؛ با مدرک تحصیلی کارشناسی ارشد مهندسی عمران. سردار عبدالهی پیش از این فرماندهی قرب کربلا را بر عهده داشته و از مدیران موثر سپاه در راهاندازی قرارگاه سازندگی خاتمالانبیا بودهاست.
سعید محمد: وی از مهرماه ۹۷ به سمت فرمانده قرارگاه منصوب شد. او قبل از این مدیرعاملی شرکت سپاسد را در رزومه کاری خود داشت.
مجموعه مشخصات در جهت گسترش پایگاه های اطلاعاتی اقدام به راه اندازی مجموعه دانشنامه مشخصات در زمینه های مختلف نموده است تا بتواند کمکی به گسترش اطلاعات و شفافیت در جامعه نمایید.