وزارت علوم و آموزش عالى وقت به منظور حل مساله گزینش دانشجو، مرکز آزمون شناسی را در بهمن ماه 1347 تاسیس نمود تا با همکاری دانشگاهها، مقررات ورود به آموزش عالى را تدوین و اجرا نماید.
با افزایش تعداد متقاضیان ورود به آموزش عالى و گسترش دانشگاهها و موسسات آموزش عالى، وجود تشکیلات وسیعتری با شرح وظایف مشخص براى گزینش دانشجو ضرورى مینمود، لذا در بهمن ماه سال 1354 تشکیلات سازمان سنجش آموزش کشور با سه حوزه معاونت فنى و پژوهشی، اجرایی و نظارت بر امور دانشگاهها به تصویب رسید و با همین تشکیلات تا سال 1360 به کار خود ادامه داد.
در سال 1360 بر اساس طرح ادغام سازمانهای وابسته به وزارتخانه، سازمان سنجش آموزش کشور منحل و وظایف آن به اداره کل گزینش دانشجو در حوزه معاونت دانشجویی وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری واگذار شد.
با توجه به حجم فعالیتهاى تحقیقاتى و اجرایی به ویژه در زمینه پذیرش و گزینش دانشجو، افزایش تعداد داوطلبان ورود به نظام آموزش عالى و حساسیت بیش از پیش مراحل مختلف امر گزینش دانشجو، در فروردین ماه سال 1368، تشکیلات سازمان سنجش آموزش کشور با سه معاونت اجرایی، فنى و پژوهشی و گزینش به تصویب سازمان امور ادارى و استخدامى رسید و در تاریخ 1368/6/28 شرح وظایف و پستهای مصوب سازمان ابلاغ شد.
مجددا" با توجه به گستردگی کمى و کیفى وظایف سازمان و با اندک تغییراتی در تشکیلات با هدف کیفىتر نمودن ترکیب نیروی انسانی و افزایش پستهای پژوهشی و کارشناسی، تشکیلات سازمان سنجش آموزش کشور با سه معاونت اجرایی، معاونت فنى و آماری و معاونت تحقیقات آزمون و ارزیابی آموزشی، به موجب تبصره 2 ماده 8 قانون استخدام کشوری در بهمن ماه 1378 به تایید سازمان امور ادارى و استخدامى کشور رسید