ابوالحسن بنی صدر در ۵ دی ماه ۱۳۵۸ رسما نامزدی اش در اولین انتخابات ریاست جمهوری ایران را اعلام کرد. جامعه روحانیت مبارز از نامزدی وی حمایت کرد. در ابتدا جامعه مدرسین حوزه علمیه قم هم از وی حمایت کرد ولی پس از مدتی تصمیم به حمایت از حسن حبیبی گرفت. در این دوره انتخابات ریاست جمهوری ۱۲۴ نامزد شرکت کردند که پس از اعلام انصراف یا استعفای برخی از نامزدها در نهایت ۹۶ نامزد در روز انتخابات به رقابت با یکدیگر پرداختند. ۸ نامزد که از چهره های سیاسی بودند توسط کمیسیون نظارت بر انتخابات مجوز تبلیغ و مناظره در صداوسیما را دریافت کردند. علاوه بر بنی صدر، حسن حبیبی، احمد مدنی، صادق طباطبایی، داریوش فروهر، صادق قطب زاده، کاظم سامی، و حسن آیت دیگر افراد این فهرست بودند. انتخابات در روز ۵ بهمن ۱۳۵۸ برگزار شد و ابوالحسن بنی صدر با کسب ۱۰٬۷۰۹٬۳۳۰ رای از مجموع ۱۴٬۱۵۲٬۸۸۷ رای ماخوذه (۷۶٫۵٪) به عنوان نخستین رئیس جمهور تاریخ ایران انتخاب شد. ۶۷٫۴۲٪ واجدین شرایط در این انتخابات شرکت کردند.
بنی صدر پس از احراز پست ریاست جمهوری، اهدافی چون دوباره سازی مراکز قدرت، از دور خارج کردن تدریجی سپاه پاسداران، دادگاه های انقلاب و کمیته ها و ادغام آن ها در سایر سازمان های دولتی، کاستن نفوذ روحانیون و همچنین ایجاد طرحی برای توسعه اقتصادی کشور را در دستور کار خود قرار داد بود. امام خمینی به بنی صدر اجازه داد تا پیش از تشکیل مجلس، در ماه بهمن ۱۳۵۸ و با ادای سوگند، حکم ریاست جمهوری خویش را دریافت کند و در مراسم تنفیذ طی سخنان کوتاهی از وی خواست تا مابین قبل از ریاست جمهور و بعد از ریاست جمهور در اخلاق روحی وی تفاوتی نباشد
بنی صدر نماینده دانشجویان دانشکده حقوق دانشگاه تهران در کنگره جبهه ملی ایران در سال ۱۳۴۱ و مسئول سازمان دانشجویان جبهه ملی در دانشگاه تهران بود.
وی رهبری گروهی از دانشجویان مخالف شاه را به عهده داشت و دو بار به خاطر فعالیت های سیاسی دستگیر و روانه زندان شد. پس از مجروح شدن در قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، او کشور را ترک کرد و عازم فرانسه شد. بنی صدر و حسن حبیبی (معاون اول پیشین برخی از روسای جمهور ایران) که از شاگردان احسان نراقی، نظریه پرداز، محقق و یکی از موسسان بنیاد فرهنگ ایران، زیر ریاست عالیه فرح پهلوی بودند، به همت نراقی برای ادامه تحصیل به اروپا رفتند. او از سوربن دکترا گرفت و بعدها در آن به تدریس پرداخت. او به زبان های عربی و فرانسوی تسلط داشت. دریافت شده در ۲۸ دسامبر ۲۰۱۶. پارامتر ناموجود یا خالی (کمک) بنی صدر در طول دهه ۱۳۵۰ و سال های پیش از وقوع انقلاب، به عنوان یک ناسیونالیست و اسلام گرای پرشور و اقتصاددان انقلابی، با ایراد سخنرانی، چاپ و انتشار مقالات و کتب تالیفی خود، به مبارزه با حکومت شاه می پرداخت. به عقیده حجت اسلام اکبر هاشمی رفسنجانی، در طی این سال ها، بنی صدر که نزدیکی بیشتری با جبهه ملی احساس می کرد و خود را تئوریسین انقلاب می دانست، همواره درگیر رقابت با صادق قطب زاده (که او نیز در پاریس اقامت داشت) بود. قطب زاده نزدیکی فکری بیشتری با نهضت آزادی ایران داشت و به همین لحاظ بیشتر مورد تایید مبارزین اسلامی بود. در سال ۱۳۵۷ و اندکی پیش از وقوع انقلاب، با ورود امام خمینی به پاریس، او از معدود کسانی بود که در فرودگاه به استقبال او رفتند.
پس از ناآرامی ها و آشوب های داخلی که سبب رفتن شاه از ایران شد این دو در تاریخ ۱۲ بهمن سال ۱۳۵۷ با پرواز ایرفرانس به کشور بازگشتند.
ابتدای انقلاب
بنی صدر تنها سه روز بعد از ورود به ایران سخنرانی های خود را در دانشگاه صنعتی آریامهر آغاز کرد. این جلسات و سخنرانی ها به مدت ده روز یعنی تا زمان پیروزی انقلاب طول کشید. بنی صدر در بهار ۱۳۵۸، پس از تشکیل دولت موقت و خارج شدن اعضایش از شورای انقلاب با موافقت امام خمینی به عضویت این شورا درآمد، ولی حاضر به همکاری با دولت موقت نشد و مهدی بازرگان نیز پذیرای این پیشنهاد نبود. در این دوره نقد دولت موقت جزو برنامه ها و مقالات بنی صدر بود. وی در یک سخنرانی جنجالی دولت موقت را مورد خطاب قرار داد و آن را به ضعف، عدم توانایی ایجاد تغییرات در دستگاه حکومتی، سهل انگاری و سستی در قضیه کردستان متهم ساخت.
بنی صدر همچنین یک ماه پس از پیروزی در انتخابات، با حکم امام خمینی به ریاست شورای انقلاب که هیئت سیاست گذار و نظریه پرداز ایران محسوب می شد، منصوب گشت. امام خمینی همچنین به منظور تثبیت موقعیت او، سمت فرماندهی کل قوا را نیز به او محول کرد.
این منازعات، بر فضای سیاسی کشور در دوران ریاست جمهوری او تاثیر بسیار نهاد. بنی صدر در انحلال دادگاه های انقلاب، سپاه پاسداران و کمیته ها و همچنین تحت کنترل درآوردن قوه قضائیه و رادیو و تلویزیون شکست خورد. امام خمینی ره شخصاً، مقام ریاست دیوان عالی کشور را به آیت الله سید محمد بهشتی و دادستانی کل را به آیت الله سید عبدالکریم موسوی اردبیلی که از اعضای بلندپایه حزب جمهوری اسلامی بودند، محول نموده بود.
در روز هفتم تیر ۱۳۶۰ در حالی که در دفتر حزب جمهوری اسلامی، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه از جمله سید محمد بهشتی (دبیرکل حزب و رئیس دیوان عالی کشور)، ۴ تن از وزرای کابینه دولت و ۲۷ نماینده مجلس به شهادت رسیدن .جمهوری اسلامی، مجاهدین خلق را که پس از حوادث خشونت آمیز سی ام خرداد ماه، اعلان مبارزه مسلحانه علیه حکومت نموده بود، عامل این اقدامات بودند .
دوم مرداد ۱۳۶۰، دومین انتخابات ریاست جمهوری برگزار گردید و محمدعلی رجایی با به دست آوردن بیش از ۱۳ میلیون رای دومین رئیس جمهور ایران شد. میزان مشارکت در این دوره ۶۴٫۲ درصد بود. او دبیرکل جدید حزب جمهوری اسلامی، محمدجواد باهنر را به مقام نخست وزیری خویش برگزید.
بنی صدر و مسعود رجوی که کودتای مورد انتظار آنان که منجر به سرنگونی حکومت شود، رخ نداد، در ساعت ۲۲:۴۵ سه شنبه ۶ مرداد ۱۳۶۰، از فرودگاه مهرآباد و با هواپیمایی که بهزاد معزی هدایت آن را بر عهده داشت از ایران گریخته و با عبور از کشورهای ترکیه، قبرس، یونان و شمال ایتالیا، در یک فرودگاه نظامی واقع در حومه پاریس به زمین نشستند. معزی پیشتر نیز هدایت هواپیمای شاه را به قصد مراکش بر عهده داشت. فردای آن روز کانال دو تلویزیون فرانسه بنی صدر را نشان داد در حالی که سبیلش را تراشیده و در کنار مسعود رجوی، سلامتیان و سرهنگ معزی ایستاده بود.
در رسانه های ایران عکسی از بنی صدر با پوشش زنانه و ابرو برداشته منتشر شد. نشریه ایران نیوز چاپ آمریکا وابسته به ایرانیان مقیم ایالت کالیفرنیا همان ایام گزارشی از نحوه فرار بنی صدر نوشت در بخشی از این گزارش به تراشیدن سبیل و زیر ابرو برداشتن و موهای رنگ شده بنی صدر اشاره شده است دو ماه پس از حادثه بمب گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر ریاست جمهوری به تاریخ ۸ شهریور، رجایی و باهنر شهید شدند
با اعلام سایت رسمی بنی صدر در تاریخ 17 مهر 1400 در پاریس (فرانسه) در گذشت.