سید حسین حسینی دروازه بان باشگاه فوتبال استقلال تهران و تیم ملی فوتبال است. او فوتبال حرفه ای خود را در سال ۱۳۸۹ از تیم برق شیراز شروع کرد. وی برای این تیم تنها دو بازی انجام داد. او در اردوی اوکراین در بازی دوستانه مقابل دینامو کیف برای اولین بار در ترکیب اصلی استقلال قرار گرفت و بازی بعد خود را در آذر ۱۳۹۲ با پیراهن استقلال در مقابل کاسپین قزوین در جام حذفی انجام داد. که در هر دو بازی موفق به بسته نگه داشتن دروازه استقلال شد.
وی همچنین در اردیبهشت ۱۳۹۳ در بازی مقابل الریان قطر در لیگ قهرمانان آسیا درون دروازه تیم استقلال قرار گرفت. اودر ابتدای فصل ۱۳۹۴–۱۳۹۳ برای خدمت سربازی به مدت دو فصل به صورت قرضی عازم تیم ملوان (که در آن زمان جزو تیم های لیگ برتری بود) شد. حسینی پس از اتمام دوران سربازی، با توجه به قراردادش، به استقلال بازگشت.
در این فصل علیرضا منصوریان به این گلر جوان فرصت دروازه بانی استقلال تهران را در دو بازی حساس نخست و پایانی نیم فصل (مقابل تیم های نفت تهران و سپاهان اصفهان) داد که هر دو بازی با نتیجه تساوی ۱–۱ پایان یافتند. همچنین او توانست در بازی مقابل نفت تهران در نیم فصل دوم لیگ ۹۶–۹۵ جایگزین رحمتی شود و با واکنش های خود دروازه اش را بسته نگه دارد. استقلال توانست آن بازی را با گل ابراهیمی از روی ضربه آزاد پیروز شود.
نخستین بازی او در فصل ۹۷–۱۳۹۶ برای استقلال در مقابل تیم پارس جنوبی جم بود که در این بازی دروازه اش دو بار باز شد. او همچنین در این فصل پس از بازی مقابل استقلال خوزستان و کلین شیت در این بازی رسماً رکورد طالب لو را شکست. همچنین او در جریان بازی مقابل تراکتورسازی رکورد حفظ دروازه در تاریخ لیگ برتر را (که تنها سه هفته از شکسته شدنش می گذشت) شکستو در جریان بازی با سایپا و گل نخوردن تا دقیقه ۵۶ رکورد بهرام مودت را شکست و رکورد کلین شیت در لیگ برتر فوتبال ایران تا آن زمان را با ۸۷۲ دقیقه بسته نگه داشتن دروازه از آن خود کرد.
وی همچنین به عنوان بهترین بازیکن دی ماه، از دید برنامه نود انتخاب شد. حسینی در ۲۶ اردیبهشت ۹۴ توسط کارلوس کی روش به تیم ملی بزرگسالان دعوت شد. وی پس از درخشش در تیم استقلال در اردوی داخلی در تهران قبل از بازی دوستانه با پاناما توسط کیروش دوباره به تیم ملی دعوت شد ولی در لیست نهایی برای اردوی اتریش نبود. وی در تاریخ ۲۶ اسفند ۱۳۹۶ درون دروازه تیم ملی برای بازی با سیرالئون قرار گرفت.