سید ابراهیم رئیسی در آذرماه سال ۱۳۳۹ هجری شمسی در خانواده ای روحانی در شهر مشهد و در محله نوغان دیده به جهان گشود. پدر ایشان حجه الاسلام سیدحاجی رئیس الساداتی و همچنین مادر وی سیده عصمت خدادادحسینی از سلاله سادات حسینی و نسبش از هر دو طرف به حضرت زید بن علی بن الحسین علیهمالسلام می رسد. سید ابراهیم در 5 سالگی پدر خود را از دست داد.
او تحصیلات ابتدایی را در مدرسه جوادیه گذرانده و تحصیل در علوم حوزوی را در مدرسه نواب و سپس در مدرسه آیت الله موسوی نژاد شروع کرد. در سال ۱۳۵۴ جهت ادامه تحصیل به حوزه علمیه قم و مدرسه آیت الله بروجردی رفت و مدتی نیز در مدرسه ای که با مدیریت آیت الله پسندیده تحت نظر امام خمینی اداره می شد، تحصیل نمود.