فرزانه شرفبافی استاد دانشگاه و عضو هیئت مدیره هما بوده است و همچنین مسئولیت هایی مانند مدیرکل پژوهش و بهسازی منابع انسانی هما، ریاست مرکز آموزش و بهسازی منابع انسانی هما، ریاست ارشد تضمین کیفیت در مهندسی و تعمیرات هما و همچنین دبیری انجمن علمی حمل و نقل هوایی کشور را در کارنامه خود دارد. فرزانه شرفبافی در اردیبهشت ماه ۱۳۹۸ در حکمی از سوی غلام حسین مظفری، مدیرعامل سازمان منطقه آزاد کیش، به سرپرستی شرکت هواپیمایی کیش ایر منصوب شد.
عباس آخوندی وزیر راه و شهرسازی دوره یازدهم، در حکمی فرزانه شرفبافی را به عنوان سرپرست جدید شرکت هواپیمایی جمهوری اسلامی (ایران ایر) منصوب کرد. فرزانه شرفبافی در تاریخ ۱۲ مهر ۱۳۹۶ با تصویب هیئت دولت به عنوان عضو هیئت مدیره و مدیرعامل شرکت هواپیمایی جمهوری اسلامی منصوب شد و در تاریخ ۱۵ اردیبهشت سال ۱۳۹۸ جای خود را به تورج دهقانی داد.