محسن خلیلی (زاده ۲۵ بهمن ۱۳۵۹ در تهران) بازیکن سابق فوتبال است. خلیلی سابقه بازی در تیم های سایپا، پرسپولیس استیل آذین، مس کرمان و صبای قم را دارد. محسن خلیلی در طی ۱۲ بازی ملی در تاریخ ۱۳۸۷/۳/۲۵ در مقابل تیم ملی فوتبال سوریه در مسابقات مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۰ در دقیقه ۵+۹۰ تنها گل ملی خود را به ثمر رساند. او در دوره هفتم لیگ برتر علاوه بر کسب عنوان قهرمانی با پرسپولیس به طور مشترک با هادی اصغری به عنوان آقای گلی نیز نایل آمد. وی بعد از عملکرد ضعیف مصطفی قنبرپور در بهمن ماه ۱۳۹۷ به حکم مدیران پرسپولیس به عنوان سرپرست جدید این تیم انتخاب شده است.