هیئت امنا که عالیترین مرجع تصمیمگیری در مورد این دانشگاه است تشکیل شده از: سه نفر از اعضای هیئت موسس که حتماً یکنفر از آنها باید روحانی باشد (در حال حاضر: علیاکبر ولایتی (رئیس هیئت امنا)، سید حسن خمینی، عبدالله جاسبی)، رئیس دانشگاه (محمد مهدی طهرانچی)، وزیر بهداشت (سعید نمکی) و وزیر علوم (منصور غلامی)، رئیس نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاهها (مصطفی رستمی)، و سه نفر از اعضای هیئت علمی تمام وقت دانشگاهها در مرتبه دانشیاری یا بالاتر که هیچگونه سمت مدیریتی و حکومتی غیر از تدریس و پژوهش نداشته باشند به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی (محمدمهدی طهرانچی، فریدون عزیزی، فرهاد رهبر)
مجموعه مشخصات در جهت گسترش پایگاه های اطلاعاتی اقدام به راه اندازی مجموعه دانشنامه مشخصات در زمینه های مختلف نموده است تا بتواند کمکی به گسترش اطلاعات و شفافیت در جامعه نمایید.